Тоби Магуайр родился 27 июня 1975 года в Санта-Монике, штат Калифорния. Его отец был обычным строителем, а мать — секретаршей. Свою карьеру в кино он начал, будучи еще школьником. В возрасте 14 лет Тоби прошел кастинг на фильм «Волшебник», в котором исполнил короткую роль без реплик. Начинающий актер активно посещал пробы для различных сериалов и малоизвестных картин. В ряде фильмов он получал эпизодические роли.
На одном из кастингов Магуайр познакомился с Леонардо Ди Каприо, и между ними сразу же завязалась крепкая дружба. Они заключили неформальное соглашение о взаимопомощи в кино и телевидении, благодаря которому в будущем Тоби получил несколько удачных ролей.
В начале 1990-х Магуайр снимался преимущественно в небольших картинах и рекламе различных брендов. В частности, в 1993 году он сыграл вместе с Ди Каприо в фильме «Жизнь того парня». Хотя мировые сборы кинокартины составили всего чуть более $4 млн, лента получила хорошие отзывы критиков и зрителей.
Внимание на актера обратили после выхода драмы «Ледяной ветер» в 1997 году. Затем Магуайр получил эпизодическую роль в легендарной картине «Страх и ненависть в Лас-Вегасе», а за ней последовали удачные работы в фильмах «Плезантвиль», «Правила виноделов» и «Вундеркинды».
Однако действительно широкую популярность и славу Тоби обрел в 2002 году, когда впервые примерил на себя костюм супергероя Человека-паука. Он получил главную роль в одноименном фильме режиссера Сэма Рэйми. При бюджете в $139 млн мировые сборы составили $825 млн. Вторая часть также оказалась успешной. При общих затратах на съемки в размере $200 млн касса достигла $789 млн. В 2004 году Тоби считался одним из самых высокооплачиваемых актеров Голливуда.